Tout comme dans les précédents volets, dans Pokémon Donjon Mystère 3, vous ne contrôlez pas un dresseur, mais un Pokémon. Ce Pokémon est déterminé grâce à un Test de personnalité. Le Pokémon sera l'un des Pokémon de la liste ci-dessous. Après avoir déterminé votre Starter, vous pouvez choisir votre partenaire parmi cette même liste. Cependant, votre partenaire ne doit pas être du même type que votre Starter. Dans Pokémon Donjon Mystère 3 vous aurez cinq nouveaux Pokémon Sarter.
| Pokémon | Nom | Type(s) | Nature du Mâle | Nature de la Femelle |
|---|---|---|---|---|
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Goupix |  |
- | - |
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Evoli |  |
- | - |
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Phanpy |  |
- | - |
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Lixy |  |
- | - |
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Riolu |  |
- | - |
| Pokémon | Nom | Type(s) | Nature du Mâle | Nature de la Femelle |
|---|---|---|---|---|
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Bulbizarre |   |
- | - |
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Salameche | |
- | - |
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Carapuce |  |
- | - |
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Pikachu | |
- | - |
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Miaouss | |
- | - |
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Germignon | |
- | - |
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Hericendre | |
- | - |
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Kaiminus | |
- | - |
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Arcko | |
- | - |
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Poussifeu | |
- | - |
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Gobou | |
- | - |
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Skitty | |
- | - |
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Tortipouss | |
- | - |
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Ouisticram | |
- | - |
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Tiplouf | |
- | - |
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Goinfrex | |
- | - |
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